La complexité d'un système de dépuration des eaux induit à adopter un système d'automatisation et de contrôle basé sur DCS (Distributed Control System/Système à Commande Directe).

Le système permet l'implémentation des boucles (loop) de régulation et de contrôle, en plus de la définition des procédures lots (batch) nécessaires pour la gestion des cycles de traitement dans les cuves de décantage et de dépuration.

En général sont utilisés différents nœuds DCS, chacun étant dédié au contrôle et au monitorage d'un processus en particulier ; on pourra par exemple avoir des nœuds DCS dédiés à l'Oxygénation, à la gestion Fenton, à la gestion Denitro.  Chaque nœud est interconnecté et le système dans son ensemble est complété par des stations de saisie à distance (RTU) dédiées aux systèmes de soulèvement et de pompage.

Le principal bénéfice naissant de l'adoption d'un système d'automatisation et de contrôle est de rendre plus simple et plus complète la surveillance et la gestion de l'installation et d’augmenter la vitesse d'intervention en cas de besoin ; les postes opérateur peuvent être aussi bien centralisés que répartis dans les zones critiques de l'installation, en facilitant une intervention rapide du personnel.  Il faut également signaler la nette diminution des opérations manuelles, grâce à l'adoption des "recettes" qui automatisent et simplifient les procédures opérationnelles.

Le fonctionnement en l’absence de contrôle de l'installation est possible grâce aux services d'appel du personnel en service en cas d'alarme (eXPert Remote Call) et à la possibilité de connexion à distance avec les fonctions opérateur (eXPert Remote HMI).
L'adoption d'automatismes et de régulations pour la gestion de l'installation engendre en outre un avantage sous la forme d’une réduction de la consommation de réactifs chimiques (optimisation des dosages) et, de manière plus générale, sous la forme d’économies d’énergie, en optimisant l'apport en oxygène.

Le système est complété par des fonctions de rapport, utilisées aussi bien pour la publication des données destinées aux organismes normatifs et de contrôle dans le cadre de la protection de l’environnement (ARPA) que pour un monitorage constant du fonctionnement de l'installation, notamment pour ce qui est de l’entretien.